男子不育症的发病原因复杂，很多疾病或因素均可导致男性不育。男性不育症的病因归纳如下：
1、染色体异常。常见的有男性假两性畸形、克氏综合征和XYY综合征。
2、内分泌疾病。原因是促性腺激素缺乏。常见的有选择性促性腺功能低下型性机能减退，即Kallmann氏综合征；选择性LH缺陷症和FSH缺陷症；肾上腺皮质增生症；高泌乳素血症等。
3、生殖道感染较为常见。近年来随着性传播疾病发病率的提高，生殖道炎症如前列腺炎、附睾炎、睾丸炎、尿道炎的发病率和严重程度有所增加，严重影响男性的生育能力。
4、输精管道梗阻。影响精子的输送。
5、睾丸生精功能异常。常见于隐睾，精索静脉曲张，毒素、磁场、高热和外伤等理化因素皆可引起睾丸的生精障碍。
6、精子结构异常和精浆异常。影响精子的运动、获能和顶体反应等。
7、免疫性不育。男性自身产生的抗精子免疫和女性产生的抗精子同种免疫均可引起男性不育。
8、男性性功能障碍。阳痿、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
因此，每对夫妇咨询不育或开始就诊时，就应对男性生育力进行检测。专家说，精液检查一直是用于判断男性生育力的最基本临床指标。因为，男性的生育力主要体现于精子的功能。精子和卵子的功能、结构正常，保证精卵结合和受精，是生育的生物学本质。精液中主要细胞成分即是精子，精浆则具有保护、营养和输送精子的作用。精液检查内容包括了精液量、精子活动力、精子密度、精子形态等，由此可以评价精子的功能。但是，这些指标不能完全反映精子功能，因此，需要建立特殊的精子功能试验方法，包括，精子包被抗体试验、低渗膨胀试验、附性腺功能的生化测定、活性氧类物质检测、人卵透明带结合试验、顶体反应测定、精子核成熟度和DNA损伤的测定等。
同时，专家指出，还有一些男性不育症患者并非器质性原因引起，而来源于不良的生活习惯，常见的有：
精神状态不佳
长期的精神压抑、沮丧、悲观、忧愁，往往引起不育。这是由于其影响了大脑皮质的功能，于是全身的神经、内分泌功能及睾丸生精功能和性功能均呈不稳定状态。
营养不良
人类精子的产生与饮食中的营养水平休戚相关，必须摄入足量的钙、磷、维生素A、C、E等物质；若营养不良或偏食，则影响精子的产生及质量。故应多吃些牛奶、鸡蛋、瘦肉、鱼类、新鲜水果和蔬菜等。
长期穿紧身裤
这样做有三点危害：①睾丸温度升高；②阴囊散热出汗受阻，同样使睾丸温度升高；③阻碍阴囊部位的血液循环，造成睾丸瘀血。故不应穿任何式样的紧身裤。
嗜烟和酗酒
首先，烟、酒均可损害男性的性功能，从而引起男性不育症。吸烟是引起男性的动脉血管受损，尤其是动脉粥样硬化的常见危险因素。动脉粥样硬化后，阴茎血压指数明显下降，血液输入明显减少，从而诱发阳痿。饮酒对男性性功能也有十分有害的影响。酒精可引起性腺中毒，严重地损害睾丸间质细胞，抑制睾酮的合成，使雄激素水平降低，导致严重的阳痿。其次，烟、酒均可直接损害性腺和精子。酒精通过毒害睾丸等生殖器官，引起血清睾酮水平降低，从而引起性欲减退、精子畸形，导致男性不育。烟叶中的尼古丁有降低性激素分泌和杀伤精子的作用。精子的产生依赖性腺，主要是睾丸的功能
阴囊的温度大约比正常体温低1℃，以利于精子的生成和发育，频繁的热水浴，使阴囊温度上升，影响精子的生成。
房事不当或过频
尽管睾丸每天能产生数亿个精子，但精子还必须要在附睾里发育成熟。一次射精后，须5～7天才能恢复有生育力的精子数量。所以，房事过频导致每次射出的精子数很少，可引起不育。另外，性交中断、手淫过度或房事不规则，也会导致性器官的不正常充血，均不利于精子生成。
经常长途骑车
骑自行车时，车座正好压迫尿道、阴囊、会阴部位，长途骑车，使上述部位充血，可影响睾丸、附睾、前列腺和精囊腺的功能；骑车的颠簸震荡，还会直接损害睾丸的生精功能。
