此前多数学者认为南岛语系起源于台湾，往南经过菲律宾，再扩散到太平洋地区。但在2日至6日召开的中国东南及环太平洋地区史前考古国际学术研讨会上公布的最新研究成果指出：南岛语系也可能起源于其他地区。
“台湾并不是南岛语系向南扩散的唯一出口。利用各种机会和条件，南岛语系同样可以经过福建和两广沿海地区扩散。”台湾考古学家臧振华说。
臧振华和中国社科院考古专家发现，海南岛东南部海岸新石器时代遗址与台湾同时期遗址十分相似：遗址周边都是砂质海湾，都发现了鱼、贝类、鹿、猪的遗存，陶器风格也十分相似，墓葬方式都是仰身直肢、头朝西南。
“这表明它们都来自共同的早期文化传统，说明南岛语系的起源和扩散应该涵盖福建以南到北部湾沿海地区，即南岛语系可能通过华南到中南半岛，再扩散至太平洋诸岛屿，这为‘南岛语系多元路径扩散论’提供了更多证据。”臧振华说。
考古学家对植物和人类遗骸的最新研究表明，台湾新石器时代文化和大陆存在紧密联系，也为古代华南大陆有南岛语族提供了证据。
澳大利亚国立大学教授洪晓纯介绍，南岛语族地区至今流行树皮布文化，而对树皮布原材料之一构树的DNA鉴定结果显示，华南及台湾均为构树遗传多样性最高的地区，说明南岛语族的起源也包括广大的华南地区。她说：“从新石器文化演变的角度来看，当时的文化扩散一定是存在多元路径的。”
南岛语系是世界上唯一主要分布在岛屿上的语系，使用人口约2.7亿人。目前仍使用南岛语的人东达南美洲以西的复活节岛，西到马达加斯加岛，南达新西兰，台湾则是南岛语系分布的最北端。
