不过，历史的车轮总是在往前滚动的，祖国大陆革命发展的汹涌澎湃也在推动着台湾的工作发展，1948年5月，蔡孝乾等人潜赴香港，参加由中共中 央委托华东局组织的有关台湾工作会议。此刻流亡于香港的台湾民主自治同盟负责人谢雪红也参加。会上提出台湾人民是中华民族的一部分，台湾有两个前途，一是 和大陆同时解放，二是国民党继续盘据。而无论台湾前途如何，均需要中共台湾工委在当地积极地开展工作，为最后解放台湾做好准备。这次台湾工作会议的重大意 义之一，是完全废除了原来台湾共产党的纲领，收编了原台共的人马，将台湾党组织直接置于中共中央的领导之下。
当时，台湾全省 内 的正式党员不过两百多人。此后至一九四九年的四五月，此间不到一年，台湾的党组织更是蓬勃发展，正式党员增至一千三百多人，可掌握民众达五万人。下辖学生 工作委员会、邮电职工工委会、铁路支部这三个全省性组织及北市委会、台中市委会、台南市委会、高雄市委会等地区性组织。
当解放军横渡长江，横扫江南之时，解放台湾的工作也被正式提上了议事日程。早在当年春季，台工委就向各级工委组织下达了工作方针：“各级党的组织，必须将每个党员、积极分子动员起来，在一切为了配合解放军作战的总口号下，立即转入战时体制，建立必要的战时机构。”
为了能够配合解放军解放台湾，在蔡孝乾的主持领导的下，台工委积极展开工作，除了采用统一战线的路线，将组织渗透到国民党军政各界里去之外，同时还不断发动工潮和学潮，并利用台湾人民的反蒋情绪，在各地建立武装组织，成立“武装工作队”，以期发动起义，夺取政权。
当时的台湾省工委甚至曾向中共中央提出《攻台建议书》，称“如果我们的攻台计划，需要考虑季节风势的话，则攻台日期应以明年(1950)4月最为适当。”
此后，台工委又发出了题为“怎样配合解放军作战”的指示， “台湾的解放更接近了，台湾的解放是肯定的，而且为期是不远的。台湾的解放主要依靠人民解放军从外面打进来……台湾组织的任务是很迅速很切实地来准备力量配合解放军作战。”
然而也就在这种情况下，一场灾难降临了下来。
“四六学潮”后，有人在台北台湾大学校园散发地下党的机关刊物《光明报》，该报很快呈至台湾省主席兼警备司令陈诚处，数日后，蒋介石在阳明山士林官邸召开会议，痛斥保密局局长毛人凤等，训令严查“反动报纸”出处。
在政府迁台之前，台湾岛内的肃谍工作主要由台湾全省警备司令部司令彭孟缉负责，1949年01月05日，台湾全省警备司令部全衔改为“台湾省警备司令 部”，并由陈诚兼任警备总司令后，彭孟缉任警备副总司令，蒋介石曾一度召见彭孟缉，询问有关共谍在台活动情形。而彭孟缉笃定地说“共产党在台湾的活动不成 气候。”
也正是彭孟缉当初的话语，使得如今当陈诚带着这分极尽嘲弄国民党之能事的公开刊物面报蒋介石时，蒋介石气得连声大骂彭孟缉不中用，并随即下令召集当时三大情治机关：警备司令部、国防部保密局、党通局改组成的内政部调查局(即中统)及宪兵等部门的负责人，要求限期破案。